El baptisterio, «puerta de entrada a la Iglesia», está situado en lo que podría haber sido el acceso al segundo campanario. Una imponente pila de mármol de 1745 llena totalmente la capilla.  En el muro frontal un lienzo del pintor setabense Francisco Climent Mata con el bautismo del Señor. Climent es pintor nacido en Xàtiva en 1895. En 1911 ingresó en la Escuela Superior de Escultura y Pintura de San Carlos, de Valencia, donde en la clase de Paisaje le fue concedida la «Pensión Roig». En 1914, y hasta 1917, cursó en la barcelonesa Escuela de Artes y Oficios, en la que obtuvo la medalla de plata también en Paisaje. Por primera vez expuso en Madrid, en 1920, en un certamen regional. En 1934, 1935 y 1936 participó en regionales valencianas, siendo premiado. Figuró en la Nacional de Barcelona, en 1942, y en este mismo año, como en 1944, expuso individualmente en la misma ciudad. Después marchó a su ciudad natal para dirigir una industria artesana, ocupación que alternó con su vocación artística. Practicó el óleo, el pastel y el aguatinta, y cultivó el paisaje, la figura y el retrato. La capilla fue bendecida el Sábado de Gloria de 1945.

La Conselleria de Cultura restauró la vidriera que cubre el Baptisterio en 1998 y la Seu restauró el gran lienzo del Bautismo del Señor. En la fiesta de Pentecostés del mismo año se reiniciaron los bautismos en este lugar. En las naves centrales y girola hay colocadas diversas vidrieras policromadas modernas, dedicadas a escenas de la vida del Señor, la Virgen María y santos de la devoción de los donantes; existen en la actualidad 52 vidrieras repartidas por todo el templo. Comenzaron a colocarse en 1948. Se pudieron salvar algunas de la destrucción que se produjo en 1936: nave central y crucero.

Lo más interesante de la sacristía es la cerámica que en los años sesenta se colocó procedente del convento de San Francisco. Se trata de un arrimadero de unos cuarenta metros de largo, por un metro sesenta centímetros de alto. Se utilizaron los colores azul, amarillo y verde; los motivos utilizados son todos de la Pasión del Señor; ángeles, pavos reales y tritones, engarzados por una exuberante decoración vegetal y cordones de san Francisco y todo en un estilo barroco que aunque muy recargado resulta muy halagador contemplar y pasear la vista por cada uno de estos paneles.