Con el desmoronamiento de la cúpula quedó destrozado el púlpito que era aún de la Iglesia antigua, así como la verja del presbiterio, banco del Ayuntamiento, embaldosado de mármol, etc. Más tarde se labró el púlpito de mármoles, las balaustradas de bronce, sillería del coro, pavimento de mármoles y otras obras hasta terminar las naves laterales, tejados.

Don José Plá Ballester tuvo que hacer frente a la construcción de la nueva cúpula. Pidió ayuda a la reina Isabel y desde aquí ideó formas concretas para recoger dinero; todavía queda algún que otro boleto de los que se vendían con el fin de recaudar fondos.

Durante las obras se colocaron grandes lonas para evitar que la lluvia entrara dentro de la iglesia. El Abad reunió a varias personas y junto con el arquitecto deciden que la nueva cúpula sea metálica por fuera y de cemento por dentro, por mayor seguridad. Se aprueba el presupuesto; se reduce el tambor y se suprime la teja vidriada. Y así se hizo terminándola en febrero de 1888. Y así se ve hoy.

El Beato Gonzalo Viñes hace la siguiente descripción de la nueva cúpula: “Consta ésta de un gigantesco casquete de hierro, revestido, interiormente de yeso y exteriormente de un ensamblaje de madera, sobre el que descansa el hermoso tejado de zinc. La gran importancia de esta obra la revela su importe que fue de 80.179,83 pesetas, recogido todo por suscripción de los hijos de la Virgen de la Seo. Fue inaugurada solemnemente, con suntuosa fiesta y procesión general con nuestra Patrona el 2 de febrero de 1888.

Seis años después, continua el Beato Viñes, se construyeron el rico púlpito de mármoles, a expensas de la insigne bienhechora doña Dolores peguero, y las primeras balaustradas y verjas de bronce del antecoro, vía sacra y ábside, legado del espléndido patricio don José espejo Gil, continuadas y terminadas hoy por doña Ramona Cariz”. (La Patrona, pág 179-180).

La nueva cúpula interiormente la rodea una balaustrada de hierro colocada sobre una gran cornisa que permite pasearla. No está pintada de colores o de imágenes. El alto lucernario deja deslizarse el signo que representa al Padre Eterno y al Espíritu Santo como iluminando el centro del crucero, donde hoy está el altar mayor.

La cúpula descansa sobre cuatro enormes pilares que rematan en cuatro pechinas. Parece ser que en cada una estaba representada una Matriarca del Antiguo Testamento que podrían ser: María la de Aarón, Rut la moabita, la reina Ester y Judit. Estas pinturas eran de Vergara. Con la quema y profanación del templo en 1936, se estropearon y se ennegrecieron. Cuando se restauró la Colegiata a partir de 1939, se pensó en pintar unos lienzos con los cuatro evangelistas y pegarlos en esas mismas pechinas, sin reparar en lo que había debajo. El Abad don Juan Vayá hizo que Joaquín Tudela pintara un lienzo con san Mateo y lo enseñó a la gentes, al gustar, le encargó los otros tres y son los que hoy vemos colocados.

He hablado ya varias veces con la Consellería de Cultura y con doña Carmen Pérez, directora del Departamento de Restauración, para que en el momento se pueda, hagamos catas para comprobar el estado de las pinturas originales y si es favorable, poder restaurarlas; de esa manera se daría a la cúpula la belleza original que Vergara plasmó en sus frescos. No hace mucho se compraron los bocetos de Vergara que expone el museo municipal; con esos bocetos de Vergara la restauración sería más fácil. 

El Abad don Juan Vayá encargó, como ya he dicho, al pintor local don Joaquín Tudela los cuatro evangelistas para las pechinas de la cúpula. Desde entonces allí están colocados.

Los cuatro evangelistas son san Mateo, san Marcos, san Lucas y san Juan. Conviene, pues, que diga, a nivel catequético, algunas cosas sobre estas figuras.

San Mateo. El nombre de Mateo significa “don de Dios” y en el elenco nominal del grupo de los Doce aparece en el Nuevo Testamento cuatro veces. Era publicano y Jesús le llama desde el mostrador de los impuestos. ¡Y le sigue! Escribe el Evangelio que lleva su nombre. Es natural de Cafarnaún, su sepulcro está en Salermo y su fiesta se celebra el 21 de septiembre. Se le representa con un ángel.

San Marcos. Era hijo de María, dueña del Cenáculo, lugar donde se reunía la Iglesia Madre de Jerusalén. Le vemos acompañando a Pablo en sus viajes apostólicos. Luego se aparece en Roma junto a san Pedro. No fue Apóstol, sólo evangelista. Derramó su sangre por Cristo. Sus reliquias se veneran en Venecia. Su fiesta es el 25 de abril. Se le representa con un león.

San Lucas. Tampoco fue Apóstol. Es autor del tercer Evangelio y del libro de los Hechos de los Apóstoles. Compañero de san Pablo quien le llama “mi querido médico”. Natural de Antioquia de Siria; ejerció su apostolado en Asia Menor y murió mártir a los ochenta años. En Papua descansan sus restos. La Iglesia celebra su fiesta el 18 de octubre.

San Juan. Es Apóstol y evangelista. El más joven de los Doce, amigo predilecto de Jesús y testigo de grandes acontecimientos de la vida del Señor. Siguió a Jesús y nunca se separó de él. Murió de edad muy avanzada. Escribió el cuarto Evangelio, el Apocalipsis y varias cartas. Había nacido en Betsaida y era hermano de Santiago, ambos hijos de Zebedeo y Salomé. Su sepulcro está en Éfeso y su fiesta se celebra el 27 de diciembre.