En 1731 se acuerda reiniciar la obra. Se reiniciaron sólo a costa de los vecinos y unas cortas rentas del cabildo colegial, todo lo cual resultaba insuficiente; en 1734 se impone un tributo de dos dineros por cada libra de carne para la obra, que permite proseguir las obras sin interrupción. Pero las obras se interrumpirían por algunas calamidades que afectaron a la ciudad. 

En 1731 se hicieron capítulos para la obra que se remató el 23 de abril, se hizo junto a las capillas de S. Martín y el Deán, una pared que se había caído llegándose hasta las barandillas de la canal de su tejado, estas obras fueron realizadas por Juan Navarro. En el libro capitular de la ciudad de S. Felipe del mismo año 1731, hay un expediente del 15 de octubre:

“… El señor D. Manuel del Largo, Racional del Cabildo Eclesiástico de la ciudad, [ordena] se continuase las obras de la Seo, cerrando por los pilares de junto al Altar Mayor y que para ello había ya nombrado un electo comisario al canónigo D. Onofre Vicente Texedor y por depositario a Mosen Antonio Martí…”.

El 20 de julio de 1753 se termina  esta puerta y la escalera

Los expedientes números 12 y 13 del lenguaje “de la Seo” en el Archivo Municipal, ambos de 1753, son: el primero, los “capítulos y remates de las obras de la escalera y paredes de la división de las calles que existen frente y a lo largo de la puerta del crucero de la parte de tramontana del nuevo templo”; el segundo, los “capítulos y remates de la escalinata que debe hacerse frente a la puerta del crucero en lo tocante a la cantería”. En mayo se adjudicó el segundo, el primero a favor del maestro de obras Andrés Rodenes, el cual cedió su derecho a José Primo. En cuanto a la cantería de piedra de la escalinata de la puerta del crucero, según capítulos que se detallan se otorgó por remate ante la junta de fábrica el 8 de mayo de dicho año 1753, al maestro cantero José Cuenca, dejándola concluida el 20 de julio del mismo año. Un mes después era inaugurado el templo, que sólo llegaba al crucero.

En 1746 se concede permiso a la junta de fábrica para tomar 6000 libras a censo para la obra. En 1747 se consigue permiso para celebrar corridas de toros en la plaza de la Seo en agosto a fin de recaudar fondos para gastos de obras. De 1772 datan unos borradores anónimos de notas y datos de administración, pidiendo medios y actividad para adelantar las obras, y se agradece que se aplique a la obra las multas que se imponen a los contraventores del cultivo de arroz.

Interior de la Colegiata

En 1774 estaba ya cubierto en cuanto a las naves toral y lateral del Mediodía y a punto de cubrirse la del Norte del medio cuerpo de la nueva Iglesia Colegial para agregarse al crucero; según se declara en una solicitud que hizo la junta de la fábrica suplicando que se les cediese un solar en la calle de la Ardiaca, junto al Palau, para depositar en él la madera de los andamiajes que se iban ya a desmontar. Desde antes de 1748 era director de fábrica Alberto Pina que continuó las dos capillas siguientes, concluidas por Jaime Pérez en 1777. Aquel mismo año se añadieron al resto de la obra y colocó el coro en su lugar, como se reseña en el libro capitular de 1777, folio 73 de fecha 14 de junio:

“… Francisco Agulló Comisario de la obra (…), que la fábrica se halla en estado de deberse derribar el paredón que cerraba la obra hecha, y donde estaba colocado el órgano, para hacer la agregación de las dos capillas últimamente concluidas y colocar el coro en su lugar a cuyo efecto por parte de la administración se ha pasado el oficio correspondiente al Cabildo eclesiástico quien en su virtud se ha trasladado para hacer los Oficios Divinos a la Capilla del Papa y de la Comunión y tránsito interinamente hecho para la comunicación de la Iglesia con otra capilla…”

En el mismo libro, folio 107 (vuelta) con fecha 3 de agosto, consta:

“… Para el día de la Virgen (S. VIII) iba a estar colocado el Altar Mayor en su sitio, y el coro en su lugar y se podría oficiar en el Altar Mayor…”

De 1779 se conserva archivado un informe del arquitecto Francisco Cuenca, referente a las obras del retablo, costeado desde 1776 por Dña. Victoria Albero, y otros detalles de la obra de la Seo. Este grandioso edículo neoclásico es obra del escultor Vicente Ventura Rodríguez.

La junta de fábrica, a fines de 1788, nombró como director de la obra nueva al Deán Jose Ortiz con carácter honorario, siendo efectivo el arquitecto Francisco Cuenca.

Altar dedicado a sant Vicent, una de las joyas de la Colegiata

El campanario iniciado el 2 de julio de 1796, como consta en una inscripción labrada en su base, nada tiene que ver con el diseño que Jaime Pérez, director de la fábrica en 1785, realiza de la fachada que debía quedar enrasada con dos campanarios gemelos; el diseño de Pérez fue desestimado por el Deán Ortiz y Francisco Cuenca. En 1801, ya titulado como arquitecto por la academia de S. Fernando de Madrid, el hijo de Francisco Cuenca, Fray Vicente Cuenca Pardo, se encarga de la obra demostrando los errores del Deán Ortiz y una superior pericia al enmendarlos, motivando esto, a principios del siglo XIX una cuestión de amor propio en el Deán Ortiz; intervino junto a su padre en el campanario y en la construcción del tabernáculo diseñado por Ventura Rodríguez, terminado en 1808.

En 1849, los electos de la junta de fábrica, en sesión del 8 de marzo, se enteraron de un oficio del arquitecto-director de la obra, recomendando urgencia en la terminación de la torre nueva por amenazar ruina la vieja. El oficio del arquitecto a la junta, entre otras cosas dice: que en la torre vieja se observa una inclinación o desplome al lado norte, a pesar de haberle quitado el último cuerpo que la coronaba y hechos otros trabajos de apoyo; y amenaza ruina por su mala construcción. Aconseja que se supriman los volteos de campanas y que no toquen las grandes, para dar tiempo a terminar la nueva torre hasta la sala de campanas. En 1852, según Sarthou, el campanario estaba detenido en la cornisa del tercer cuerpo, como en efecto se ve en el grabado de Boix en 1857. Además del proyecto de Jaime Pérez para la fachada, existe otro sin fecha, de extraordinaria importancia porque es el que con alguna modificación llevó a termino Luis Ferreres a quien erróneamente se adjudica su paternidad. El anónimo proyecto preveía el cuerpo de campanas y linterna totalmente distinto a como fue concluido por José Zacarías Camaña hacia 1877, un año después que Luis Ferreres saliera de la Escuela de Arquitectura. Por ello el diseño de la fachada es anterior a la intervención de Camaña y no puede ser del arquitecto modernista setabense, puesto que no podía proyectar una torre que ya estaba terminada cuando tomó la dirección de obra.