El incendio del Archivo Municipal de Xàtiva en 1707, destruyó, entre otros valiosos documentos, los libros capitulares redactados en valenciano de los siglos XIV a XVI, donde constaban originales los consejos de octubre de 1596, en los que se acuerda hacer iglesia nueva sobre el solar que ocupaba la antigua Colegial. No obstante se salvó una copia auténtica de estos documentos: 

“Die XVI mensis octobris anuo anatte. domo. MDLXXXXVI. (...) Be tenen entés V. M. con diverses vegades se ha determinat se fabricás de noula Esglesia collegial de’ sta ciutat la cual huí está fabrica en siti que antigament era mesquita de moros e així en algunes parts de les parets y arcades de aquella y ha escrites lletres morisques y no el edifisi cual convenia pera la esglesia major de la present ciutat (...)”

Inscripción alusiva a la Catedralidad. Fachada de la puerta de los Escalones. Colegiata de Xàtiva

El 16 de octubre de 1596, los jurados de la ciudad, después de elevar al Rey, una vez más, la solicitud de restitución de la sede episcopal, acordaron en consejo general, al que asistieron representantes de todos los estamentos, la construcción de una nueva Iglesia. Las razones aducidas eran de prestigio: 

“. . . Per a embelliment de la present ciudad puig veem que totes les viles circunvehines de esta ciutat han fabricat esglésies noves sobre les velles...”

y religiosas, muy acordes con el espíritu de la contrarreforma y los problemas derivados de la convivencia con los moriscos:

“ . . . Hui está fabricada en siti que antigament era mesquita de moros a així en algunes parts i arcades de aquella y ha escrites lletres morisques. ..”

La Seo de Xàtiva hacia 1888

Un manuscrito del archivo municipal, redactado en borrador, que aunque anónimo y sin fecha, Sarthou por la letra y contenido deduce que es el regidor D. Enrique Menor, del año 1772, según el cual afirma, la obra de la Colegiata actual comenzó su construcción a fines del mismo año 1596, cosa que maravilla como no fuese que al formalizar el acuerdo de la ciudad estuviese ya prevenida de planos y dinero para iniciarla. Más bien sea el derribo de la edificación que ocupaba la parte del solar donde iba a iniciarse la nueva obra (extremo N-E) ; pero que al año siguiente estaba ya en marcha la obra, lo demuestran la imposición de sisas y recargos de tributos.

También se enuncia de algún modo cual iba a ser el procedimiento económico que permitiera obtener los fondos suficientes para costear la nueva obra:

“(...) posar cuansevol imposisió y sises que convinguen imposar per a dita fábrica y donar cualsevol talls que será menester donarse y pera nomenar clavaris pera collectar les sises que per dita raho serán imposades y tot y lo demes que convindrá ferse per onte de dita fábrica y ab tots los hinerhents y de deppendents anexos y connexos de aquella, llargament. (...)”

Se ordenan impuestos y sisas, así como clavarios que se encargaban de recolectarlas. La sisa era un impuesto que se cobraba por todo tipo de género comestible; en nuestro caso se impone por cada libra de carne de cabra, toro, ovejas, jabalíes y otras, también sobre el vino que se comprase para hacer aguardiente. En los consejos donde se acordaban estas sisas se les ordenaba también su vigencia mientras durase la obra, así como hasta qué pueblos de la gobernación de Xàtiva se extendía su vigor, ya que no eran únicamente los ciudadanos de la villa los que debían soportar el peso económico de la obra.

Por otra pare los ciudadanos, no sólo contribuyeron económicamente, sino que además realizaron trabajos personales en derribos, acarreos y materiales, limosnas, granos y frutos. Otro de los arbitrios que acordó la ciudad para sufragar la obra del templo fue el del tanto por cien sobre los legados que para bien del alma hacían los parroquianos. Todo el pueblo se volcó en la obra de la Seu. Querían tener un templo hermoso y grande y con esa base reintentar de nuevo la petición de la catedralidad y la sede episcopal. La Seu tendrá dimensiones catedralicias.

Restos de la capilla de Calixto III en la plaza de la Seo de Xàtiva  a principios de siglo.

Existe documentación de la Colegiata del Año 1.598. En el Cabildo se encuentran Libros de Actas, no hay Libros de fábrica pues desaparecieron.

Todo está ya a punto para el gran acontecimiento que dará gloria y fama a la ciudad de Xàtiva: su nueva Colegiata.

Y así las cosas el 22 de enero de 1598 el santo Arzobispo de Valencia Juan de Ribera puso la primera piedra en la construcción de la Colegiata, a la que había visitado varias veces, según consta en el libro de Visitas pastorales.