Desde la misma conquista del reino de Valencia por Jaime I se establecieron tres arcedianatos en Sagunt, Alzira y Xàtiva. De este último dependían toda una serie de parroquias situadas al sur de la diócesis de Valencia desde el río Júcar hasta los territorios de Alicante que pertenecían a la diócesis de Cartagena. De la iglesia mayor de Santa María de Xàtiva, dependían subsidiariamente las otras iglesias de la ciudad: San Pedro y Santa Tecla. Más tarde el cargo de arcediano de Xàtiva se vinculó a una canongia de la catedral de Valencia, nombrándose para toda esta amplia zona un oficial y tribunal eclesiástico civitatis Xativae et citra rivum Xúquer.
El 13 de diciembre de 1413 Benedicto XIII elevaba a la categoría de colegiara la parroquia mayor de Santa María de la ciudad, estableciendo en ella quince canonicatos, al tiempo que estipulaba la definitiva creación del archivo en un arca con tres llaves y la de un notario que actuaría como escribano del capítulo. Del conjunto de canónigos, tres de ellos eran dignidades: el deán, que tenía anexa la cura de almas, el sacristán y el chante-capiscol, y siete oficios: dos hebdomadarios, dos sochantres, un diácono, y subdiácono y un subsacristán.
La ascensión de los Borja primero a la sede episcopal de Valencia y después a la tiara papal favoreció al clero y a la ciudad de Xàtiva, sin embargo no se alcanzaría la tan deseada catedralidad y diócesis, que sí había tenido en los ss. VI y VII. Calixto III y Alejandro VI, que no querían reducir de sus rentas episcopales las correspondientes al sur de la diócesis, más si cabe la fuerte oposición de la Seo de Valencia y de la capital del Reino, se limitaron a conceder varios privilegios formales limando las diferencias con los canónigos de Valencia.
Durante los siglos XVI y XVII la primera etapa de construcción de la nueva iglesia (1598), los nuevos intentos de erigirse en catedral, el aumento del número de beneficios y administraciones, así como la introducción de las disposiciones de Trento, de importantes consecuencias archivísticas, especialmente con el patriarca Ribera (1569-1611), constituyen la causa de la multiplicación de las series del Archivo. En este periodo se crea la figura de archivero, ayudado más tarde por un sub-archivero, se configuran poco a poco las secciones de Sacramental y de Gobierno y Acción Pastoral y se multiplican las series de Culto, Mensa y Administración de Bienes. Los sínodos de los arzobispos Aliaga (1631) y Urbina (1657) se encargaron, por su parte, de exigir que en todas las parroquias hubiese un armario archivo donde custodiar los libros.
Es a partir de 1707, con el saqueo de la ciudad por las tropas borbónicas, cuando la iglesia de Xàtiva entra en un periodo crítico del que ya no logrará salir. En 1774 con Fabián y fuero, arzobispo de Valencia, se desmembrarán las parroquias de San Pedro y Santa Tecla, que habían actuado hasta entonces como capillas auxiliares. Ya en el siglo XVI, en plena Morería, se había erigido la parroquia de los Santos Juanes.
Entre 1785 y 1796, bajo la dirección del mercedario Antonio Agost, se reordena el archivo de la Colegiata siguiendo la propuesta del benedictino Oliver Legipont. Esta ordenación hay que conectarla aparte de con las corrientes de la Ilustración, representadas en figuras como los deanes Laviña y Ortiz, con los nuevos intentos de erigirse en catedral bajo el empuje de Joaquín Lorenzo Villanueva y con la autodefensa de las instituciones eclesiásticas frente al regalismo civil que llevaría a las desamortizaciones del siglo XIX. El archivo se entendía como arma de la iglesia y su ordenación era garantía de la permanencia de los bienes y derechos eclesiásticos.
El concordato de 1851 suprime la colegiata de Xàtiva, condición que será restablecida en 1909, nombrándose como primer abad al ya párroco D. José Pla Ballester. Es esta una segunda etapa de reordenación del archivo a cargo del seminarista José Moscardo (1885) y del canónigo-archivero Gonzalo Viñes Masip (1883-1936). Durante la guerra civil del 36 el archivo musical, los códices y el archivo de gestión se perdieron en gran parte.
En 1965 y 1973, Pablo VI por medio de sendos breves pontificios, concedía el privilegio de uso de mitra y báculo al abad de Xàtiva y elevaba la colegiata a la dignidad de Basílica Menor.